Cross-over:
Professor Layton
Luke Triton
Phoenix Wright: Advocaat
Maya Fey: Assistente Phoenix Wright
De verteller/Schepper: Schrijver van de verhalen in de Historia Labyrinthia.
Meave Cantabella: Bewoner van Labyrinthia. Beschuldigd van hekserij.
Hooginquisiteur Darvell: Geloofsonderzoeker/ketterjager. Aanklager.
Inquisiteur Burnham: Verdediger voor aanklager.
Rechter: Bepaald of verdachte schuldig is en zo nodig een straf oplegt.

Professor Layton en de Doos van Pandora:
In 2009 kwam het tweede deel uit voor de DS. In tegenstelling tot het eerste deel is dit deel volledig Nederlands ingesproken.
De mysterieuze Elyseïsche kist wordt ook wel de doos van Pandora genoemd vanwege de geruchten dat deze kist iedereen doodt die hem opent. Professor Layton en Luke onderzoeken deze mysterieuze doos. Er zit een gas in de doos die je verwachtingen laat uitkomen. Verwacht je te sterven, dan gebeurd dit dus ook. De professor geloofde hier niet in, dus wanneer hij de doos opent gebeurt er niets. Uiteindelijk bleek het kistje een dubbele bodem te hebben waarin een belangrijke liefdesbrief in zat.

Professor Layton en de Verloren Toekomst:
In 2010 kwam het laatste deel uit van de eerste trilogie, ook deze is voor de DS.
In dit deel denken de professor, Luke en Flora dat ze tijdreizen, maar eigenlijk worden ze vervoerd naar een diepe ondergrondse grot. Hier worden wetenschappers gevangen gehouden, zodat ze denken dat ze door de tijd zijn geworpen en ze daardoor hard werken om een tijdmachine uit te vinden om terug te kunnen. Dit doen ze voor Clive, die een hele tijd terug in een explosie zijn ouders verloor en deze terugwil. Tijdens deze explosie verloor professor Layton ook zijn vriendin Claire.

Tweede trilogie                                                  Professor Layton en de Melodie van het Spook:
In 2011 kwam het eerste deel van een nieuwe trilogie uit voor de DS. Deze speelt zich enkele jaren voor het begin van de eerste trilogie af, en in dit deel ontmoet professor Layton zijn toekomstige leerling Luke. Hier krijgt hij ook zijn assistente Emmy Altava, een vrouw die Layton een tijd eerder geholpen heeft. Professor Layton en Emmy worden door Luke naar Misthallery gehaald. In Misthallery gaat de legende dat er in tijden van nood een legendarisch spook verscheen om de dorpelingen te helpen. Nu zou het spook zich echter tegen de burgers hebben gekeerd. Luke weet echter altijd waar de aanslagen plaats zullen vinden. Het blijkt namelijk dat Loosha, een dinosauriër, een grote robot bevecht. Door de dikke mist leek Loosha een spook te zijn. Als het avontuur is afgerond, heeft Luke een grote fascinatie voor de professor opgebouwd en de twee besluiten contact te houden.                          

Professor Layton en het Masker der Wonderen:
In 2012 kwam deel twee van deze trilogie uit. Bijzonder was dat het spel zich van de DS naar de 3DS verplaatste. Hier waren sommige puzzels speciaal op gemaakt. Professor Layton, Emmy en Luke worden door Angela Ledore, een oude jeugdvriendin van de professor, naar de woestijnstad Monte d'Or gehaald, omdat hier vreselijke dingen gebeurden. Op het moment dat ze arriveren in er een enorme carnavalsoptocht begonnen. Maar een bijzonder masker geeft problemen en de professor moet terug in het verleden graven om te achterhalen wat de krachten van het masker zijn.

Professor Layton en de Erfenis van de Azran:
In 2013 kwam het zesde en laatste deel uit van de tweede trilogie. De verhaallijn moest zo eindigen dat het logisch kon doorlopen in het eerste deel(Professor Layton and the Curious Village). Professor Sycamore heeft hier een levende mummie gevonden en roept de hulp in van Layton, Emmy en Luke. De ingevroren mummie blijkt Aurora te zijn, een ingevroren meisje dat haar geheugen is verloren maar later een afstammeling van de Azran blijkt te zijn.
Kort nadat ze het meisje hebben bevrijdt uit het ijs word ze gekidnapped door een groep genaamd Targent. Nadat hij de achtervolging heeft ingezet, belandt Layton al snel in de oude ruïnes van de Azran, waar hij meer over deze oude beschaving te weten komt. Layton en zijn vrienden ontdekken dat Targent het heeft voorzien op de oude erfenis van de Azran. Samen reizen ze over de wereld met de Bostonius, het luchtschip van professor Sycamore, om de verloren middelen te vinden waarmee ze Targent kunnen stoppen. Vanwege het ontbreken van belangrijke personages als Emmy Altava en Jean Descole in de eerste trilogie, moesten deze twee personages het veld ruimen. Emmy Altava verraadde Layton en Luke en vertrok daarom. Jean Descole bleek de broer van Layton te zijn. De twee besloten geen vijanden meer te zijn, maar afstand van elkaar te nemen in de hoop elkaar ooit vriendschappelijk terug te zien.

Cross-over:                                                          Professor Layton vs. Phoenix Wright: Ace Attorney:
In 2012 kwam deze cross-over uit voor de 3DS. In dit spel werken archeoloog Layton en advocaat Wright samen.
De ‘Historia Labyrinthia’ is een mysterieus boek waar alles in geschreven staat dat ooit is gebeurd, en dat ooit nog zal gebeuren in Labyrinthia, een stad die op geen enkele kaart te vinden is. Dit boek word geschreven door ‘De verteller’.

Het verhaal van Layton:Maeve Cantabella verschijnt onverwacht in het kantoor van professor Layton. Ze draagt middeleeuwse kledij en beweert achternagezeten te worden door heksen. Ze heeft alleen een mysterieus oud boek bij zich. Ze smeekt Layton haar te helpen en te beschermen.
Samen met Luke bedenkt Layton een plan om haar achtervolgers te misleiden, waardoor de ze kan ontsnappen. Als ze Maeve’s boek onderzoeken, ontdekken zij dat dit boek het verhaal vertelt van een stad die Labyrinthia heet. En vervolgens worden ze het verhaal ingezogen...                                              Het verhaal van Wright:Phoenix Wright en Maya Fey reizen naar Engeland in het kader van het uitwisselingsprogramma van het Internationaal Verbond van Advocaten. Zoals gewoonlijk raken zij in aanraking met een vreemde zaak; een plaatselijke scholiere met de naam Maeve Cantabella wordt beschuldigd van diefstal en mishandeling en haar docent wil dat ze schuld bekent. Wat nog vreemder is, is dat Maeve lijkt te denken dat ze wordt vervolgd voor hekserij.
Phoenix en Maya de zaak te winnen en de rechter te overtuigen dat Maeve  onschuldig is. En vervolgens worden ze het verhaal ingezogen…                               De ontmoeting:Layton, Luke, Phoenix en Maya bevinden zich in de middeleeuwse stad Labyrinthia. Hoe zijn ze hier terechtgekomen? Hoe komen ze weer thuis? En wat heeft Maeve met dit alles te maken?
Als Maeve terechtstaat voor hekserij, besluit Phoenix haar te verdedigen in de rechtbank.

Film                                                                       Professor Layton en de Eeuwige Diva:
In 2010 kwam in de spelserie voorkomen.
Professor Layton en de Eeuwige Diva uit. In deze film zitten nog steeds enkele raadsels, maar niet meer de puzzels die in de spellenreeks voorkomen.
De Professor en Luke staan voor een nieuw raadsel als de jonge zangeres Janice Quatlane hen vertelt dat ze de geest van haar overleden vriendin heeft gezien. Een heer als Layton is kan deze jongedame in haar verwarring niet in de steek laten. Om het mysterie op te lossen gaan Luke en de Professor naar het wereldberoemde operahuis 'Crown Petone'. Daar gaat de laatste opera van de componist Oswald Whistler in première. Daar, blijkt de voorstelling uit te lopen op een angstaanjagend spel: de winnaar maakt kans om onsterfelijk te worden! De sleutel tot dit raadsel ligt blijkbaar in het eeuwige leven.