Het eiland Madagascar bestaat op zich al 100 miljoen jaar maar het is pas bevolkt sinds 2000 jaar geleden. De eerste inwoners kwamen uit Zuidoost-Azië en er kwamen ook migranten vanuit Afrika en de Arabische Peninsula. De taal die er gesproken wordt, het Malagasië, is een Maleis-Indonesische taal hoewel het veel woorden uit Afrikaanse talen kent.

De eerste Europeanen arriveerden in het jaar 1500 op Madagascar. In de eeuwen die volgden probeerden Portugezen, Hollanders en Engelsen zich tevergeefs permanent op het eiland te vestigen. In 1643 vestigde Frankrijk zich in Madagascar, dit was echter gewoon bedoelt als handelspoort. Frankrijk gebruikte echter Malagische slaven om te helpen bij het koloniseren van La Réunion en Mauritius. Naar schatting werden er zo’n 150 000 slaven geëxporteerd.

De grootste etnische groep zijn de Merina, die tegen het eind van de 18e eeuw praktisch het hele eiland onder hun controle hadden (na veel tegenstand, voordien was het land verdeeld in 3 koninkrijkjes: Menabe in het westen, Zana-Melata in het oosten en Merina op het centraal plateau).

In de 19de eeuw veroverden de Merina stam onder leiding van koning Radama I, met behulp van een  leger met maar liefst 35.000 soldaten, heel Madagascar. In 1817 sloot Radama I een verdrag met Groot-Brittannië die Madagascar beschouwden als een onafhankelijke staat onder de leiding van de Merina stam. Na de sluiting van dit verdrag kwamen de eerste missionarissen naar Madagascar om de bevolking tot het christendom te bekeren. De Madagassische taal werd op schrift gezet en de eerste scholen werden gebouwd. Koning Radama I wordt opgevolgd door Koningin Ranavalona I in 1828. Zij verklaarde het christendom illegaal. Ze wou niet meer onder invloed staan van de Europese grootmachten. De enige Europeaan die wel invloed mocht uitoefenen was industrialist Jean Laborde (ze hadden een relatie) die, rond 1840, de Industriële Revolutie in Madagascar startte door het bouwen van een industrieel complex.

In 1861 sterft Ranavalona I. Haar opvolger was haar zoon, Radama II, die veel vooruitstrevender was. Hij schaftte de verplichte arbeid af en maakte van religie een vrije keuze. Het christendom werd al snel de officiële godsdienst. Ook het rechtssysteem werd gemoderniseerd en het land werd weer opengesteld voor buitenlanders. Een jaar na zijn troonsbestijging wordt hij echter vermoord door Rainilaiarivony, die eerste minister wordt en tevens ook met Radama II’s vrouw, de koningin, trouwt. Rainilaiarivony stelde een edict op waarin stond dat de koningin enkel kon handelen met de toestemming van haar ministers, wat de werkelijke macht bij hem legde.

In de late 19^de eeuw daalde de interesse van Groot-Brittannië in Madagascar. De interesse van de daarentegen steeg wel en zo ook hun invloed. Die invloed mondde uit in pure agressie: de Franse oorlogsschepen bezette de grote havens en zo werd de Malagese overheid verplicht een contract te tekenen waar in stond dat het eiland van de Fransen was. In 1884 kwam koningin Ranavalona III aan de macht. De Fransen beschuldigden de Marinese overheid van tirannie en eiste dat de koningin zou worden afgezet. De koningin weigerde echter en in september 1895 nam de Franse overheid de hoofdstad Antananarivo over. Op 6 augustus 1896 werd Madagascar officieel verklaard als Franse kolonie. In het jaar dat volgde werd koningin Ranavalova III in afzondering gestuurd en werd de Merina monarchie verbannen. Franse gouverneur-generaal Joseph Gallieni verklaard Frans tot de officiële landstaal. Zijn doel is om de Britse invloeden en de Merinese macht te verwoesten. De Fransen investeerden daarna veel in de economie, transport, bouw en onderwijs om het land verder te ontwikkelen.

In de vroege 20^ste eeuw schaften de heerser van Madagascar de slavernij af, al werd het al snel vervangen door een even uitbuitend belastingssysteem. In de jaren ’30 ontstonden er onafhankelijkheidsbewegingen die gevoed werden door de haat voor de Franse kolonisten. Deze bewegingen bestonden uit de groeiende geschoolde middenklasse en werden geleid door nationalistisch leider Jean Ralaimongo. Zijn campagne werd echter bruut stopgezet door het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog.

Tijdens de eerste helft van de Tweede Wereldoorlog stonden de Fransen in Madagascar onder invloed van het pro-Nazi vichyregime. Madagaskar werd al snel veroverd door de Britten, omdat men dacht dat Japan het eiland zouden gebruiken als uitvalsbasis. In 1943 werd Madagascar echter al weer teruggegeven aan de Fransen.

Na de oorlog laaiden de nationale gevoelens weer fel op. Dit resulteerde uiteindelijk in een opstand in 1947 die door de Fransen werd neergeslagen. Er waren naar schatting 90.000 doden.  In de jaren ’50 werden er voor het eerst politieke partijen gevormd. De Parti Social Démocratie (PSD) van Philibert Tsiranana was de belangrijkste partij. In 1958 werd er een referendum gehouden waar de Malagassiërs instemden vóór een status als autonome republiek als onderdeel van de Franse overzeese gebiedsdelen, zoals nu bv. la Réunion.

Op 26 juni 1960 werd Madagascar onafhankelijk verklaard in een vredevolle overdracht. Philibert Tsiranana wordt verkozen als eerste president. In werkelijkheid hebben de Franse nog steeds de grootste macht in het land en behouden ze tevens ook hun militaire basissen. De Fransen hielden ook de controle over de handel en het bankwezen. Eind jaren zestig daalde de populariteit van Tsiranana snel toen het steeds slechter ging met de economie in Madagascar. In 1971 wordt Tsiranana gedwongen om af te treden. Hij wordt opgevolgd door generaal  Gabriel Ramanantsoa.

In 1975 treedt ook Gabriel Ramanantsoa af en hij wordt opgevolgd door admiraal Didier Ratsiraka. Deze admiraal volgde de idealen van de Sovjet-Unie en hij verbrak alle banden met Frankrijk. Door het vertrek van de Fransen werd snel duidelijk dat Madagaskar erg afhankelijk was van hun ontwikkelingsgeld en technische hulp. Het ging snel slechter met Madagascar op politiek, sociaal en economisch gebied. In de late jaren ’70 ging Ratsiraka nog verder met zij nationalistisch gedrag: er werd geen Frans meer gegeven in de lagere scholen en de steden moesten weer benoemd worden met hun Malagese namen i.p.v. de Fransen.  De jaren daarna volgen machtswisselingen elkaar snel op.

In 1982 kreeg de overheid een structureel financieel en economisch hervormingsprogramma opgelegd, in ruil voor financiële steun. In 1991 werd de democratie hersteld. Bij de verkiezingen van 1993 kwam Albert Zafy aan de macht. In 1997 keert Didier Ratsiraka terug als staatshoofd van Madagascar - ditmaal als democratisch gekozen president. Zijn aanvankelijke populariteit daalde echter aan het begin van het nieuwe millennium omdat de economische situatie slecht bleef. Nadat Marc Ravalomanana de verkiezingen had gewonnen brak tussen zijn aanhangers en die van Ratsiraka een burgeroorlog uit. Ratsiraka beschuldigde Ravalomanana van verkiezingsfraude. In de zomer van 2002 kwam de burgeroorlog tot een einde en kon Ravalomanana definitief aan zijn ambtsperiode beginnen.

Begin 2009 werd Ravalomanana's presidentschap uitgedaagd door Andry Rajoelina, de 34-jarige burgemeester van Antananarivo. Dit gebeurde te midden van grootschalige protesten en onlusten in de stad. Rajoelina kwam in opstand vanwege de volgens hem corrupte regeerstijl van de president. Hij verklaarde op 31 januari zelfs de macht over het land in handen te hebben. De week daarop werd hij door de regering 'ontslagen' en werd in zijn plaats een vertrouweling van de president naar voren geschoven. Na deze beslissing droeg president Ravalomanana de macht over aan de admiraal Hyppolite Ramaroson om een militaire regering te vormen. Ramaroson schaarde zich echter alsnog achter Rajoelina en droeg de macht meteen aan hem over. Een dag later erkende het Hooggerechtshof van Madagaskar de legaliteit van de machtsoverdracht

Onder grote internationale druk en sancties zijn in 2013 verkiezingen gehouden, waarbij zowel de ex-president als de huidige president niet mochten deelnemen. Momenteel is Madagaskar onder leiding van president Hery Martial Rakotoarimanana Rajaonarimampianina.